O presente artigo aborda a relação entre os Direitos Fundamentais e a Justiça Militar, destacando e analisando seus aspectos jurídicos e práticos no contexto do ordenamento jurídico brasileiro. O objetivo específico deste estudo é analisar como os Direitos Fundamentais são compatibilizados com o funcionamento da Justiça Militar, considerando tanto os aspectos teóricos quanto os desafios enfrentados no cotidiano das instituições militares. Apresenta-se as peculiaridades que distanciam a Justiça Militar do sistema judicial comum, especialmente no que tange à aplicação de direitos constitucionais dos indivíduos sob sua jurisdição. Conceitua-se Direitos Fundamentais, Garantias Constitucionais e Justiça Militar. A questão norteadora que orienta a pesquisa é: como os Direitos Fundamentais se aplicam no âmbito da Justiça Militar, considerando suas particularidades jurídicas e práticas no Brasil? A resposta a essa questão será apresentada ao longo do trabalho, abordando as tensões entre a manutenção da disciplina e hierarquia militares e o respeito às garantias constitucionais. A análise será complementada por propostas de modernização do sistema, de forma a promover um equilíbrio entre as necessidades institucionais e a proteção dos direitos fundamentais.